Мне кажется тут немного не честно сравнение fps на 1 и 2 сцене… B4W занижает разрешения рендера на мобильных устройствах, что приводит к значительному повышению fps, но портит качество… Об этом в статье не упоминается а в тестовых сценах эффект присутствует. (Тест на xiaomi redmi note 2)
Blend4Web устанавливает разрешение в родных CSS-пикселях устройства, что является общепринятой практикой во всех WebGL движках. А вообще, шейдеры - не проблема WebGL на Unity. Стабильность (тяжелые сцены просто не грузятся на мобильниках), потребляемая память и процессорная нагрузка сказываются гораздо больше.
Я сейчас специально прогнал сцены на своём телефоне. Ни в одном из вышеописанных тестов не было упора в GPU. Так что снижение разрешения никак не повлияет на FPS на Unity.