1) как в вашем движке более оптимизировано расставить несколько стрипов на одну арматуру. Например, у меня есть одна арматура с одним экшеном в несколько десятков цикличных анимаций. я выставляю стрипы этого одного экшена в НЛА редактор нарезая его нужными анимациями. понятно, что при этом блендер создаст столько же копий экшена.
При экспорте в хтмл файл будет хранить в себе эти не использованные кадры экшена как блендер или нет? Или лучше наделать отдельных экшенов для каждой анимации (что в моем случае менее удобно). Просто в блендере логикой можно использовать один и тот же участок экшена не создвавая его копий, а в НЛА эдиторе создавая копию стрипа создается копия экшена.
У нас так же копий экшена создаваться не будет. Режьте анимацию так как вам удобно. Размер экспортного файл от этого сильно не изменится.

2) заметил что вы работаете над собственной игровой лгикой, когда ее возможно "увидит свет"? На сколько она будет отличаться от Blender'овской?
Да, действительно работаем. Пока этот проект только формируется. Точной спецификации ещё нет, но можно сказать, что это будет система полностью построенная на нодовой структуре. То есть, не будет трёх жестко заданных полей, как в BGE, а будет полная свобода на подобие Unreal-ской.